Il 10 ottobre 1906 il commerciante svizzero Hermann Hurny, insieme ad altri suoi connazionali, fonda la sezione football dello Sport Club Spezia. L’attività si limitava a sfide contro le formazioni di militari di passaggio. La nascita ufficiale dello Spezia Football Club può essere datata 20 novembre 1911, società costituita con un regolare organigramma che ebbe come primo presidente eletto Francesco Corio; fra i consiglieri, con la carica di tesoriere, risulta esservi anche Alberto Picco. Come calciatore e capitano della squadra, prese parte alla prima amichevole "ufficiale" della squadra, la partita Spezia-Virtus Juventusque Livorno, disputata il 20 gennaio 1912 e terminata con il punteggio di 2-2. Egli fu l'autore del primo gol segnato dallo Spezia. La sua carriera di calciatore fu interrotta dalla chiamata alle armi. Alberto Picco prese parte alla Prima guerra mondiale come sottotenente nel corpo degli Alpini, nel battaglione "Exilles", e morì eroicamente nella conquista del Monte Nero , sulla riva sinistra dell'Isonzo, sopra Caporetto, il 16 giugno 1915, a soli 21 anni. Alberto Picco è considerato, al pari di Cesare Battisti, uno tra i più famosi e gloriosi alpini, insignito di medaglia d'argento "motu proprio" dal Re Vittorio Emanuele III di Savoia, dopo che, in soli venti giorni di guerra, aveva già ricevuto due medaglie di bronzo.

Nel 1919 lo Spezia si iscrive per la prima volta al Campionato della Federazione, vincendo il Campionato di Promozione, ed accedendo così alla Prima Divisione.
Lo stadio viene fornito di un’elegante e capace tribuna in legno in pieno stile british; in quel campionato lo Spezia giunge, ad un onorevole terzo posto con 18 punti, alle spalle di Andrea Doria e Genoa,. In onore della Pro Vercelli, grandissima squadra dell’epoca, il colore ufficiale delle divise passa dal celeste al bianco di maglia con  pantaloncini e calzettoni neri.
In occasione della sfida di campionato tra Spezia e Genoa del Campionato 1922-23, in seguito ai violenti scontri tra i tifosi, lo stadio Alberto Picco viene squalificato per un anno. Quello stesso anno, sul campo neutro di Casal Monferrato, lo Spezia batte 1 – 0 la Juventus. Nel ’25 arriva la prima retrocessione in Seconda Divisione; un grande Checco Caiti li riporta in Prima Divisione l’anno successivo. Nel campionato di I Divisione Girone A 1928-29, gli aquilotti (definizione coniata da un giornalista nel 1913) conquistano il diritto a partecipare alla costituenda Serie B; al termine di quella stagione lo Spezia batte in finale il Parma e conquista il titolo di Campione italiano di Prima Divisione.

In seguito alle riforme attuate per la composizione dei campionati e nel 1934-35 lo Spezia viene retrocesso in Serie C, insieme a metà delle squadre della serie cadetta. Nella stagione1935-36 gli aquilotti, disputano un ottimo campionato che diventa un serrato testa a testa con la Sanremese: il torneo si conclude con ricorsi, penalizzazioni e proteste, ma alla fine è lo Spezia a ritornare in Serie B. Nel 1936 lo Spezia assume la nuova denominazione di A.C. Spezia; nel 1938-39 arriva una nuova relegazione in Serie C e nuovamente lo Spezia, fresco di retrocessione, riesce a vincere il campionato piazzandosi davanti al Forlì ma per accedere alla Serie B è necessario superare Reggiana, Savona e Taranto, ovvero anche le vincitrici degli altri gironi della Serie C.
Negli spareggi lo Spezia viene eliminato a causa della peggiore differenza reti, ma la promozione in Serie B arriva ugualmente grazie all'esclusione del Palermo per motivi economici.

All'inizio del decennio arrivano in maglia bianca Costanzo e Costa, due giocatori destinati a rimanere nella storia della società per le tante reti segnate insieme con Castigliano. Nel 1940-41 lo Spezia ottiene in Serie B una preziosa salvezza, ed ancora più positiva è la stagione successiva, quella del 1941-42, in cui la squadra esprime un ottimo gioco e si piazza al sesto posto in classifica.
Nel campionato 1942-43 arriva sulla panchina dello Spezia Ottavio Barbieri; quella è la famosa squadra delle "cinque C": Coltella, Carapellese, Costanzo, Castigliano e Costa, che chiude nuovamente in sesta posizione; si arriva così allo storico campionato del 1943-44.

Mentre infuria la Seconda guerra mondiale, con l'Italia divisa dalla “linea gotica”, la Federcalcio sposta la propria sede a Milano ed organizza un "Campionato di divisione nazionale misto"; il torneo viene diviso in gironi zonali, organizzati in tre fasi regionali e le vincitrici vanno in finale per l'assegnazione del titolo di Campione d'Italia; lo Spezia viene incluso nel girone D del settore emiliano. La società aquilotta si trova all’epoca in grave crisi a livello dirigenziale: il presidente Perioli era stato catturato ed inviato nei campi di concentramento in Germania; Semorile, l'unico rimasto, decide di contattare il comandante dei Vigili del Fuoco di La Spezia, l'ing. Gandino, per allestire una squadra in grado di affrontare il Campionato Alta Italia. L'accordo prevede l'impegno scritto di restituire tutti i giocatori allo Spezia al termine del conflitto; in tal modo si riesce ad evitare che i calciatori dello Spezia adempiano all’obbligo del servizio militare.  La squadra assume quindi la nuova denominazione “VV.F. Spezia”, e come allenatore viene ingaggiato Ottavio Barbieri, già tricolore con la maglia del Genoa e giocatore della Nazional; molti dei successi arrivano grazie al rivoluzionario "mezzo-sistema" introdotto da Barbieri (con  l'introduzione del "libero").
Affrontando le trasferte su una vecchia autobotte modificata per trasportare la squadra e sempre sotto il rischio dei bombardamenti, i “VV.F. Spezia” vincono il proprio girone con 13 punti, davanti alle squadre di Suzzara, Fidenza, Parma e Busseto. Nel girone B di semifinale, la squadra stravince su Carpi, Suzzara e Modena e lo Spezia viene incluso in un gruppo di quattro squadre per la qualificazione al girone finale: di queste, tuttavia, gli aquilotti si trovano di fronte al solo Bologna, a causa delle rinunce di Montecatini e Lucchese. Nella gara di andata, a Bologna, lo Spezia passa in vantaggio grazie ad un gol viziato forse da un fuorigioco. Le proteste dei locali portano alla sospensione della gara, con vittoria a tavolino dello Spezia per 0 – 2 e felsinei che disertano la gara di ritorno. Gli aquilotti approdano così al girone finale insieme con Venezia e Torino, il Grande Torino di Vittorio Pozzo, campione d’Italia in carica.
Il 9 luglio 1944 iniziano le finali: il pareggio tra Spezia e Venezia per 1-1 sembra spianare la strada al Torino per la riconquista del titolo; una settimana dopo, il 16 luglio, lo Spezia batte invece i favoritissimi Granata per 2 – 1, con doppietta di Angelini intervallata dal momentaneo pareggio di Piola, sovvertendo qualsiasi pronostico. La partita viene disputata in un’ Arena di Milano semideserta per il timore di rastrellamenti da parte dei tedeschi. La squadra ligure dei VV.F. si schiera in campo con questa formazione: Bani, Borrini, Amenta, Gramaglia, Persia, Scarpato, Tommaseo, Rostagno, Costa, Tori, Angelini. Il 20 luglio il Torino travolge infine il Venezia per 5-2 decretando la vittoria della formazione spezzina. Il giorno 17 luglio, proprio dopo la vittoria dello Spezia che esclude di fatto il Torino dalla corsa per il titolo, la Federcalcio emana un comunicato in cui dichiara, in contraddizione con quanto predisposto all'inizio di quel torneo, che alla squadra prima classificata sarebbe stata assegnata la “Coppa Federale del campionato di guerra” e non il regolare scudetto. L'8 agosto, a campionato finito, un ulteriore comunicato della Federcalcio dichiara che il titolo di campione d'Italia sarebbe rimasto al Torino (detentore del titolo) e al 42° Vigili del Fuoco della Spezia sarebbe stata assegnata la Coppa Federale .
Il riconoscimento del titolo sportivo onorifico per la vittoria del campionato 1943-44 da parte della FIGC è però arrivato solo il 22 gennaio 2002 grazie all'opera di giornalisti ed autorità locali; il simbolo dell'impresa di quegli uomini, eroi dentro e fuori dal campo, illumina oggi le maglie delle aquile.

Al termine della guerra, la situazione dello Spezia è assai difficile. La città ha subito gravissimi danni ed anche la società aquilotta attraversa un serio momento di crisi. In virtù dei campionati disputati in Serie B negli anni precedenti e, soprattutto, dello scudetto appena conquistato, lo Spezia chiede l'ammissione alla nuova Serie A. La richiesta viene rifiutata e la società, sia per protesta sia a causa dei problemi del momento, prende parte al campionato di Prima divisione ligure nel girone A.
L'anno successivo la Federazione, in contraddizione con l'atteggiamento tenuto in precedenza, riammette lo Spezia nella serie cadetta; il campionato 1946-47 si conclude con un brillantissimo terzo posto.
Nel 1947-48 il quarto posto in campionato consente allo Spezia di accedere alla Serie B a girone unico; nel 1948-49 è invece necessario uno spareggio a Milano contro il Parma per riuscire ad ottenere la salvezza. L'anno successivo offre un bel sesto posto in classifica, prima della discesa che comincerà negli anni cinquanta.

Gli anni cinquanta costituiscono per lo Spezia uno dei periodi peggiori che la squadra abbia mai conosciuto sin dai giorni della sua fondazione. Nel 1950-51 infatti lo Spezia abbandona dopo dieci anni la Serie B, categoria che non rivedrà più per oltre mezzo secolo. Alla retrocessione dal campionato cadetto seguono a ruota altre due retrocessioni consecutive. Lo Spezia sprofonda così in Promozione Regionale; gli aquilotti sono costretti a giocare contro le compagini rionali cittadine e raccolgono solo un misero quarto posto: è il momento più buio della storia societaria.
Per uscire da questa situazione lo Spezia effettua una fusione con l'Arsenalspezia, squadra che milita nella categoria superiore (IV Serie): la nuova società prende il nome di A.C. Spezia-Arsenal, ed il celeste entra a far parte dei colori sociali; la società può quindi ripartire dalla IV Serie. Nel 1955 si ritorna alla denominazione F.B.C. Spezia 1906 ed anche i colori tornano ad essere quelli tradizionali. Nella stagione 1956-57 lo Spezia ottiene un terzo posto in classifica che consente l'accesso alla "IV Serie I Serie", un campionato di Eccellenza Interregionale costituito su tre gironi, istituito in via eccezionale allo scopo di agevolare l'allargamento della Serie C da uno a tre gironi.
Nel 1957-58 gli aquilotti riescono finalmente a vincere il campionato arrivando primi nel loro girone di Eccellenza Interregionale di IV Serie, e conquistano anche il titolo di Campioni d'Italia di IV Serie a pari merito con OZO Mantova e Cosenza. Lo Spezia ritorna così in Serie C, dove colleziona subito un terzo ed un sesto posto.

Nel 1960 continua la crisi in cui si trova il vertice societario già da un anno, vengono ceduti alcuni pezzi pregiati della squadra ma il "Picco" è ancora un terreno difficile da espugnare e lo Spezia riesce a classificarsi settimo nel campionato del 1960-61. L'anno successivo la situazione della società si fa ancora più tragica, mancano addirittura i soldi per l'iscrizione al campionato; la Lega ammette ugualmente lo Spezia al torneo imponendo la nomina di un Commissario per il controllo della contabilità. La squadra viene allestita alla meno peggio ed il campionato 1961-62 si conclude inevitabilmente con la retrocessione in Serie D. Con un pizzico di fortuna in più la salvezza sarebbe stata raggiungibile: l'ultima partita di campionato a Rimini viene sospesa per 30 minuti a causa dell'arrivo nello stadio, in anticipo sulla tabella di marcia, del Giro d'Italia, proprio quando lo Spezia stava per giungere al pareggio e raccogliere il punto indispensabile per raggiungere in classifica il Grosseto.
La Serie D ospita gli aquilotti per ben quattro campionati; nel 1963-64 la promozione sembra a portata di mano, ma a due giornate dal termine la bruciante sconfitta per 4-0 sul terreno della diretta concorrente Massese è fatale allo Spezia, che chiude al terzo posto. Il salto di categoria arriva finalmente nella stagione 1965-66, allorquando il presidente Menicagli allestisce un'ottima squadra per la categoria con giocatori del calibro di Bonvicini, Pederiva, Sonetti, Convalle, Castellazzi e soprattutto Vallongo. La promozione in Serie C arriva grazie alla penalizzazione inflitta al Viareggio, al quale la CAF toglie tre punti per illecito sportivo; lo Spezia è così primo il classifica.
Al ritorno in Serie C gli aquilotti sfiorano per due volte la promozione in Serie B, classificandosi terzi, alle spalle di Perugia e Maceratese, nel 1966-67 e secondi nel 1967-68 dietro al Cesena, che pure era stato sconfitto al "Picco" e sembrava poter essere facilmente recuperato nelle ultime giornate.

La prima metà degli anni settanta vede lo Spezia protagonista di una lunga serie di campionati di centro classifica; poche sono le novità nel parco giocatori: uomini come S.Motto, F.Bonanni, G.Memo, U.Franceschi, D.Giulietti, S.Lo Monaco, A.Biloni e F.Rollandi vestono la maglia bianca per molti anni consecutivi e gli unici scontri di interesse per il pubblico diventano i classici derbies con le squadre toscane ed emiliane.
Nel 1976-77 lo Spezia ottiene un ottimo terzo posto; in panchina troviamo Nedo Sonetti assistito dal suo secondo Franco Scoglio. Anche la stagione 1977-78 è degna di nota, poiché gli aquilotti, guidati da Scoglio mentre Sonetti partecipa ad un corso tecnico a Coverciano, ottengono un sesto posto che consente di accedere alla costituenda Serie C1. La squadra non si rivela all’altezza delle concorrenti e retrocede in Serie C2; basta un anno e, grazie alla penalizzazione inflitta alla Rondinella per illecito sportivo, si torna in Serie C1; l'attaccante aquilotto Massimo Barbuti è il capocannoniere del girone con 23 reti.

Nella stagione 1980-81, nonostante il bomber Barbuti si confermi ancora capocannoniere con 17 reti all'attivo, arriva la retrocessione in Serie C2 e nel 1982-83 addirittura la retrocessione nel campionato Interregionale, anche se lo Spezia viene ripescato in C2 grazie alla rinuncia del Banco Roma. Nelle due stagioni successive arrivano altre due salvezze assai faticose, talvolta con l'aiuto della differenza reti nella classifica avulsa.
La stagione 1985-86 la squadra viene affidata all'allenatore spezzino Sergio Carpanesi e arrivano dei giocatori indimenticabili come Borgo, Ferretti, Telesio, Brilli e Pillon. Succede tuttavia un fatto inaspettato: il presidente Pietro Rossetto, viene arrestato e la società scivola in gravi difficoltà finanziarie fino addirittura ad arrivare al fallimento.
Il sodalizio cambia nome da F.B.C. Spezia 1906 ad A.C. Spezia. A questo punto i giocatori, oramai senza stipendio e teoricamente liberi di andare via, danno una grande prova di attaccamento alla maglia, riuscendo addirittura a conseguire un secondo posto che vale la promozione in Serie C1. Epica è l'ultima partita di campionato contro la Pistoiese, giocata tra le mura amiche con il sostegno di oltre 12.000 tifosi. Dopo il ritorno nella categoria superiore lo Spezia riesce a conquistare per due volte la salvezza, tornando a disputare campionati entusiasmanti che infiammano la tifoseria; da ricordare in quegli anni la sfida in Coppa Italia con il Napoli di Diego Armando Maradona.
È nella stagione 1988-89, la squadra di Ceccaroni, Mariano, Spalletti, del bomber Tacchi e del portiere Rollandi, sfiora la Serie B; a poche giornate dalla fine la promozione sembra ormai cosa fatta, ma i risultati delle ultime partite ed una rosa forse un po' troppo ridotta costringono gli aquilotti a giocarsi tutto all'ultima giornata sul campo della Lucchese. La squadra toscana, storica rivale degli aquilotti e guidata da Corrado Orrico, è ormai salva e non ha più nulla da chiedere al campionato ma disputa ugualmente una partita irresistibile e riesce a sconfiggere lo Spezia per 3-1, gettando nello sconforto i cinquemila tifosi che avevano seguito la squadra al Porta Elisa. Il campionato successivo comincia con l'onorevole sconfitta in Coppa Italia contro l'Inter campione d'Italia, ma la squadra non è in grado di ripetere il grande campionato dell'anno precedente.

La grande delusione per la Serie B sfuggita nell'88-89 non è ancora stata digerita dall'ambiente calcistico spezzino; alla squadra non vengono assicurati i rinforzi necessari e così, dopo qualche campionato concluso a metà classifica, ricominciano i problemi ed i rischi di retrocessione. La stagione 1992-93 è assai critica con la retrocessione evitata solo grazie alla disastrosa stagione dell'AC Siena e del Carpi, che occupano le ultime due posizioni in classifica, e alla radiazione dell'Associazione Calcio Arezzo. Non va meglio nel 1993-94: gli aquilotti vengono sconfitti ai play-out dalla Massese. Anche stavolta per fortuna gli spezzini rimangono in Serie C1 grazie ad un ripescaggio.
Dopo il buon campionato del 1994-95, nella stagione 1995-96 lo Spezia, reduce da un fallimento societario che portò alla creazione dello Spezia Calcio 1906 che riuscì a evitare la radiazione, è di nuovo costretto ai play-out per ottenere la salvezza, questa volta vinti a spese della Pro Sesto. Tuttavia nel 1996-97 dopo una stagione disastrosa lo Spezia si piazza all'ultimo posto in classifica e questa volta la retrocessione è inevitabile.
Al presidente Blengino succede Polotti, ed in società arriva l'ex-capitano Sergio Borgo che riesce ad organizzare un buon gruppo per affrontare la Serie C2. La tifoseria è ormai sfiduciata dopo tanti anni di campionati deludenti, ma la nuova squadra riesce a conquistarsi con il passare del tempo la simpatia del pubblico e ad ottenere un insperato quinto posto che consente l'accesso ai play-off. In semifinale lo Spezia elimina il favoritissimo Rimini grazie ad un gol segnato nei tempi supplementari, ma in finale è costretto ad arrendersi all'Arezzo di Serse Cosmi. Anche nella stagione successiva (1998-99), accompagnata da problemi di ordine pubblico in occasione di alcune partite, lo Spezia si piazza nuovamente al quinto posto, ma questa volta ai play-off è beffato in semifinale, nei minuti di recupero, dall'Albinoleffe.
La squadra preparata per il campionato 1999-2000 dai nuovi proprietari milanesi, Rocci, Trevisan, Viganò e Zanoli, è di primissima fascia: ritorna il beniamino dei tifosi Roberto Chiappara, e vengono acquistati Bordin, Coti, Melucci, De Vincenzo e Carlet; come allenatore viene scelto l’emergente Andrea Mandorlini, che porta con se una filosofia di gioco votata all’attacco. L'unica squadra a reggere il passo dello Spezia sembra essere l'Alessandria, ma nel girone di ritorno la marcia degli aquilotti si trasforma in una cavalcata trionfale: il campionato viene vinto con 76 punti e nessuna sconfitta, record assoluto per la categoria; i bomber sono Zaniolo e Carlet con 13 reti a testa. A fine stagione viene addirittura sconfitto per 4-1 in amichevole il Milan Campione d'Italia uscente.

Lo Spezia, neopromosso in Serie C1, si dimostra subito una squadra protagonista del campionato, anche grazie all’arrivo di giovani promesse come Budel e Zaccardo, che vanno a completare una rosa già molto competitiva. Nella stagione 2000-01 gli aquilotti partono bene e battono squadre blasonate come Pisa e Livorno, ma nell'arco del campionato arrivano alcune battute d'arresto e le corazzate Modena e Como si dimostrano troppo forti per essere raggiunte. Lo Spezia riesce comunque a piazzarsi quinto ed a partecipare ai play-off, dai quali viene però eliminato dallo stesso Como.
L'annata successiva, quella del 2001-02, è una delle più belle ed emozionanti nella storia dello Spezia anche se non si conclude con quella che sarebbe stata una meritata promozione in Serie B. Gli aquilotti infatti rinforzano ulteriormente la rosa con giocatori del calibro di Pisano, Buso e Caverzan e disputano un campionato di vertice che si risolve in un testa a testa con il Livorno. Epiche sono le vittorie, sia in casa che in trasferta, con tutte le squadre rivali storiche degli aquilotti. Tuttavia alla fine sono i toscani a spuntarla per un solo punto di differenza (non mancano le polemiche a distanza per l'esito della partita decisiva Treviso-Livorno) e lo Spezia, sfiancato dal lungo duello a distanza con gli amaranto, è clamorosamente eliminato ai play-off dalla più brillante Triestina. La delusione si ripercuote ancora sui campionati successivi e lo Spezia non riesce a raggiungere i play-off negli anni successivi. Con Mandorlini al Vicenza, anche l'imprenditore Zanoli è lasciato solo dai suoi soci e solamente l'ingresso dell'Inter di Massimo Moratti (rappresentato da Ernesto Paolillo) nella società salva le casse societarie da una possibile bancarotta. Sulla panchina aquilotta si alternano diversi allenatori ma l'unica concreta soddisfazione che arriva in queste stagioni è la conquista, nel 2005, della Coppa Italia Serie C.

Rimane invece memorabile la stagione 2005-06: lo Spezia vince il campionato di Serie C1 e ritorna in B dopo 55 anni. Con Guidetti e Varricchio implacabili goleador, Alessi nel ruolo di suggeritore, Grieco in quello di capitano e ancora Addona, Bianchi, Bruccini, Ciarcià, Fusco, Giuliano, Gorzegno, Guariniello, Locatelli, Maltagliati, Padoin, Paruta, Pelati, Pessotto, Ponzo, Rotoli, Rubini, Saverino, i bianchi raggiungono la certezza matematica della promozione il 1° maggio 2006, nella trasferta di Padova, con oltre quattromila tifosi al seguito. Al termine della stagione lo Spezia, capolista con 63 punti, stacca il Genoa, secondo in graduatoria, di ben sette lunghezze in classifica. Oltre alla promozione, fra gli indelebili ricordi di questa stagione rimangono la prima vittoria nella storia contro il Genoa, e la conquista della Supercoppa di Lega Serie C1 a spese del Napoli, primo classificato nel Girone B.
Nella stagione successiva, all'esordio nella serie cadetta, nel girone di andata lo Spezia si mantiene sempre al di fuori della zona retrocessione realizzando, fra alti e bassi, anche due grandi imprese: prima vittoria in quel di Marassi contro il Genoa (1-2) e vittoria solo sfiorata in casa contro la Juventus (1-1). Nel girone di ritorno alcune sconfitte con le dirette concorrenti ed i numerosi scivoloni subiti tra le mura amiche costringono gli aquilotti a lottare per la salvezza fino all'ultima giornata di campionato, nella quale la squadra evita la retrocessione diretta ottenendo un'altra storica vittoria (2-3) allo stadio Olimpico di Torino contro la Juventus. « Padoin!!!, Padoin!!!, Padoin!!!, con una gamba sola al novantesimo!!!, con una gamba sola al novantesimo!!! », così Fabio Caressa ai microfoni di Sky commentava lo storico risultato ottenuto dai liguri allo scadere. I torinesi non perdevano in casa dal lontano aprile 2005 e, grazie a questo risultato, lo Spezia conserva il primato di non essere mai stato sconfitto dalla Juventus in partite ufficiali.
Ma non è finita; con la vittoria di Torino lo Spezia agguanta i play-out: dovrà affrontare l’Hellas Verona. Nella gara di andata allo stadio Picco, dopo essere passati in svantaggio, gli aquilotti si impongono per 2-1 grazie ai goal di Saverino e Do Prado. Il match di ritorno termina invece a reti inviolate, decretando così la salvezza dello Spezia e la retrocessione in Serie C1 della squadra scaligera.

La stagione 2007-08 comincia sotto i peggiori auspici: eliminazione al primo turno della Coppa Italia (sconfitta per 2-0 ad opera del Piacenza sul neutro di Fiorenzuola) e penalizzazione di 1 punto in classifica da parte della Co.Vi.Soc. per il ritardo nella presentazione di documenti contabili.
Con il passare dei mesi, diventa sempre più grave anche la crisi economica nella quale si trova la società aquilotta, guidata da Giuseppe Ruggieri. Tale situazione si palesa nel mese di gennaio 2008, allorquando il presidente Ruggieri cede provvisoriamente la presidenza nelle mani della sua collaboratrice Cristina Cappelluti, incaricata di traghettare la squadra verso nuovi acquirenti.
Anche la fase di calciomercato di gennaio è profondamente condizionata dalle problematiche economiche; la rosa viene praticamente rivoluzionata allo scopo di ridurre il tetto-ingaggi, e lasciano la squadra buona parte dei migliori giocatori. Diretta conseguenza di queste manovre è il progressivo ed inesorabile peggioramento della situazione in classifica degli aquilotti.
Nei mesi di febbraio e marzo, il mancato pagamento degli stipendi arretrati e l'accumularsi di debiti portano la società sull'orlo del fallimento, e la città decide pertanto di mobilitarsi su iniziativa popolare per tentare di salvare la società aquilotta. Viene velocemente costituita la società "Lo Spezia Siamo Noi srl", che raccoglie contributi economici da tifosi, sportivi e sponsorizzazioni da alcune realtà economiche della Provincia.
Questa neonata società a marzo rileva il 70% delle quote societarie e diventa azionista di maggioranza, realizzando così in Italia il primo caso di società di calcio gestita dagli stessi tifosi.
Il rimanente 20% delle quote resta di proprietà dell'imprenditore parmigiano Andrea Ermelli, e il 10% dell'Internazionale. Il 30.04.08 l'incarico di presidente passa a Roberto Quber, avvocato spezzino; lo sarà fino al 20.05.08, quando a succedergli è Attilio Garbini.
Il 25 maggio la sconfitta subita a Pisa alla penultima giornata di campionato condanna la squadra alla matematica retrocessione in Serie C1. Nei mesi di giugno e luglio, dopo varie trattative, l'associazione popolare "Lo Spezia Siamo Noi", nonostante la mediazione del Sindaco e del socio di minoranza Massimo Moratti, non trova nessun nuovo investitore in grado di rilevare la squadra e coprire gli ingenti debiti ereditati dalla precedente gestione e garantire l'iscrizione al campionato di Lega Pro Prima Divisione, pertanto il club si avvia alla liquidazione.

Dopo che il 29 luglio '08, la vecchia società viene messa in liquidazione, il 02 agosto 2008, allo scopo di garantire una continuità alla tradizione calcistica della città della Spezia, nasce l’Associazione Sportiva Dilettantistica Spezia Calcio 2008. Nella fase costitutiva l'associazione è presieduta dal Sindaco della città Massimo Federici, ha come vice-Presidente il vice-Sindaco Maurizio Graziano e vede come soci-fondatori quattro consiglieri comunali di differente collocazione politica, in perfetto stile bi-partisan: Giacomo Gatti, Vice Presidente del Consiglio Comunale ed esponente di AN-PDL, Paolo Asti, Capogruppo di Forza Italia, Giulio Guerri, PD, Presidente della Commissione Sport del Comune e Massimo Lombardi, rappresentante di Rifondazione Comunista. Fra i primi atti della nuova società vi è la richiesta di affiliazione alla Lega Nazionale Dilettanti, supportata dai meriti sportivi idealmente ereditati della precedente società e dal bacino di utenza della tifoseria.
Il 12 agosto 2008, dopo la trasformazione in srl, lo Spezia Calcio 2008 viene acquistato da Gabriele Volpi, già noto nell'ambiente sportivo nella sua qualità di patron della squadra di pallanuoto della Pro Recco. Amministratore Unico è nominato Aldo Jacopetti, Responsabile del Settore Giovanile della Sampdoria, vincitrice, con la primavera, dello scudetto e della Coppa Italia nella stagione 2007/08. Per il ruolo di tecnico viene scelto l'ex giocatore sampdoriano Marco Rossi, già allenatore in Serie C1 con Lumezzane e Pro Patria. Il 22 agosto arriva la decisione ufficiale: lo Spezia è ammesso al campionato di Serie D, Girone A.
Nella cerimonia di presentazione alla città, Volpi e Jacopetti illustrano il programma: 5 anni per ritornare in Prima Divisione. Il 25 settembre '08 viene riacquistato il marchio dallo Spezia Calcio 1906. Nel corso della stagione, l’attaccamento alla maglia della gente di Spezia, l’amore per questi colori, la propensione del Presidente per le vittorie, danno una forte accelerata: si punta subito al ritorno nei professionisti come d’altronde dimostra la campagna acquisti portata avanti dall'Amm. Unico Jacopetti con il Ds Osvaldo Olivari. Vengono acquistati giocatori dalle categorie professionistiche a cui si affiancano alcuni giovani del vecchio settore giovanile bianco; la panchina viene affidata a Marco Rossi, già Lumezzane e Pro Patria. La partenza dello Spezia è arrembante: 1-0 in casa del Savona (gol di Frateschi) e vittoria per 2-0 in notturna contro l'Albese; il preseguo del campionato invece si rileva più difficile del previsto anche per la presenza di una inarrestabile Biellese. Nella finestra di mercato la squadra viene ulteriormente rinforzata con gli innesti di Capuano e Lazzaro, provenienza Rivoli, e di Ondrej Herzan, centrocampista ceco, già nelle fila dello Spezia in Serie B.